Illumina et IBM ont annoncé qu’ils allaient associer Watson Genomics d’IBM et le TruSight Tumor 170 d’Illumina, outil utilisé pour aider les patients atteints de cancers très agressifs à trouver le meilleurs traitement qui pourrait les soigner.
Cette association – la plus récente innovation de sociétés de séquençage d’ADN – va permettre aux médecins de scanner l’ADN de leurs patients en dehors des grands centres de cancérologie équipés des infrastructures lourdes et onéreuses (comme le Memorial Sloan-Kettering Cancer Center à New York ou le M.D. Anderson Cancer Center à Houston). Ces tests ADN vont permettre aux patients atteints de cancers critiques – et qui n’ont plus aucune autre solution – de trouver un traitement adéquat, approuvé ou encore expérimental, dans de nombreux hôpitaux.
Jusqu’à présent, cette pratique est courante pour les cancers du poumon à un stade avancé mais pas pour les autres cancers. Illumina déclare que la vente de ses machines à séquencer l’ADN pour soulager les malades représente environ 10% de ses ventes annuelles, soit 225 millions d’euros. Cela inclut la vente de séquenceurs d’ADN aux centres médicaux ainsi qu’à des sociétés comme Foundation Medicine et NantHealth qui réalisent les analyses génétiques aux organismes et systèmes de santé comme aux patients.
Plus de deux millions d’américains pourront ainsi bénéficier d’un séquençage de leur tumeur, selon Steve Harvey, vice-président de Watson Health, ils sont actuellement moins de 10% voire même à peine 5% a y avoir recourt.
L’objectif de ce nouveau partenariat est de faciliter la procédure de séquençage de l’ADN dans les hôpitaux. « Les résultats d’Illumina issus du couplage de Watson avec le TruSeq 170 vont permettre aux instituts de cancérologie ou aux laboratoires d’être beaucoup plus réactifs», explique encore Steve Harvey.
Face au cancer, les médecins et les hôpitaux se posent principalement deux questions : quels gènes sont séquencés et comment analyser les données obtenues ? Souvent la réponse est déterminée durant un « conseil de tumeur » pendant lequel un comité de médecins analyse les données recueillies « patient par patient ».
Le fonctionnement d’IBM-Illumina simplifiera le process : le séquenceur ADN sera uniquement utilisé pour l’analyse des 170 gènes de la tumeur et permettra ainsi d’indiquer quels médicaments pourront s’avérer efficaces pour la traiter. En quelques minutes seulement, Watson Genomics analysera ces données et publiera un rapport indiquant quels gènes ont muté et quel traitement est maintenant le plus adéquat.
IBM souligne que le système Watson n’en est pas à son premier essai. Fort de son expérience à l’Université Lineberger Comprehensive Cancer Center de Caroline du Nord (Etats-Unis) – il a même fait le fruit d’un reportage récent de 60 Minutes (le magazine d’actualités américain) – Watson a toujours trouvé les mutations des tumeurs séquencées, rapporte le magazine, et même dans 30% des cas, il a aussi trouvé d’autres gènes mutés, ce que les médecins ont largement salué.
Il y a aussi une autre raison pour laquelle Watson est utilisé pour trouver le point faible d’une tumeur. Il ne s’agit pas d’une raison médicale mais économique.
En effet, certains organismes comme Foundation Medicine et NantHealth veulent offrir plus encore (NantHealth promet de séquencer le génome complet de la tumeur). Et tous ces services retirent les échantillons des mains de celui qui les analyse traditionnellement, l’anatomopathologiste (ou pathologiste). Et ce nouveau dispositif offrira à un pathologiste la possibilité d’effectuer des tests supplémentaires directement au sein de l’hôpital, sans passer par un service externe car Illumina vendra l’appareil d’analyse d’IBM avec les réactifs des séquenceurs ADN.
Même sans connaître le prix de l’appareil, il est facile de comprendre qu’en faisant appel directement à un anatomopathologiste, les coûts seront plus réduits qu’en s’adressant à un autre spécialiste. Le séquençage sera alors fait sur place, les lauriers seront récoltés par l’hôpital et la facture en sera, elle aussi, diminuée.
« Ayant déjà accès aux échantillons, ils n’auront plus qu’à faire ces autres tests moléculaires sur ces mêmes échantillons« , explique Francis DeSouza, directeur général d’Illumina. « Il sera donc logique pour beaucoup de pathologistes, d’ajouter ces prestations aux nombreux services qu’ils proposent déjà.«
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