Ce que l’on sait du variant Omicron

La semaine dernière, l’OMS a annoncé qu’un nouveau variant du SRAS-CoV-2, d’abord connu sous le nom de B.1.1.529, puis appelé Omicron, était particulièrement préoccupant. La réaction a été spectaculaire. Les marchés financiers ont chuté. Les gouvernements ont commencé à fermer les frontières.

Anthony Fauci a explicitement reconnu ce que beaucoup de gens ont immédiatement soupçonné : Omicron est certainement déjà en circulation dans d’autres endroits du monde. La liste des pays présentant des cas connus ou suspects d’Omicron comprend la France, l’Australie, l’Autriche, la Belgique, le Botswana, la République tchèque, le Danemark, l’Allemagne, Hong Kong, Israël, l’Italie, les Pays-Bas, l’Afrique du Sud et le Royaume-Uni, bien que la plupart des cas connus ou suspects soient des personnes arrivant d’Afrique.

Alors, que savons-nous de ce variant ? La vérité est que nous ne savons actuellement pas grand-chose qui soit cliniquement ou épidémiologiquement pertinent. Ce que nous savons provient principalement du séquençage du génome du variant, et c’est intéressant.  La phylogénie évolutive actuellement estimée par le projet Nextstrain suggère qu‘Omicron n’est apparenté à aucune des souches actuellement répandues, y compris Delta, ou le variant Alpha précédemment répandu. Omicron présente un grand nombre de mutations qui le distinguent à la fois de la souche originale du SRAS-CoV-2 et des autres souches largement répandues.

Possibilité de contournement du vaccin

Trente-deux mutations distinctes sont associées à un seul gène, appelé S, qui code pour la protéine Spike. La protéine Spike est importante car elle se trouve à la surface de la particule virale, ce qui en fait une cible identifiable pour la réponse immunitaire. Il s’agit donc également d’une cible vaccinale standard. Les vaccins Pfizer-BioNTech, Moderna et Johnson & Johnson Covid-19 ciblent tous la protéine Spike.

Le problème est que trente-deux mutations suffisent pour que le variant Omicron de la protéine Spike soit très différent des protéines que ces vaccins ont été conçus pour cibler. Une étude sur des virus fabriqués expérimentalement, publiée cet automne, a montré que vingt mutations étaient suffisantes pour qu’un variant échappe aux anticorps neutralisants générés par des personnes ayant récupéré d’une infection naturelle ou ayant reçu un vaccin à ARNm. Pour ces raisons, il est tout à fait plausible qu’Omicron puisse être un variant dit d’échappement. Il ne s’agit encore que de spéculations, mais elles sont fondées, comme l’explique le virologue Florian Krammer dans un message perspicace sur Twitter.

Possibilité d’une transmissibilité accrue

Outre les mutations susceptibles de conférer un échappement immunitaire, on trouve également trois mutations au niveau du site de clivage de la furine (également sur la protéine Spike). Ce point est intéressant car cette partie du génome est essentielle à la transmission et pourrait être associée à une transmissibilité accrue. Une description détaillée des mutations d’Omicron est fournie par Emma Hodcraft sur le site covariants.org.

Quand en saurons-nous plus ?

Pfizer a déclaré vendredi que la société prévoit d’avoir des données sur la résistance (éventuelle) d’Omicron à son vaccin d’ici deux semaines. Si nécessaire, un nouveau vaccin pourrait être prêt à être expédié dans les 100 jours (sous réserve d’approbation).

Que se passera-t-il ensuite ?

L’essentiel est que nous ne savons pas actuellement quel sera l’impact épidémiologique d’Omicron. Une grande partie des récents isolats sud-africains sont des Omicron. Mais les isolats dont nous disposons ne constituent pas un échantillon aléatoire des virus qui circulent actuellement en Afrique du Sud, de sorte que l’impression qu’Omicron commence à dominer pourrait être exagérée.

Au cours des deux à quatre prochaines semaines, nous devrions en apprendre beaucoup plus sur Omicron. Entre-temps, la grande majorité des cas dans le monde, y compris les poussées de Covid-19 observées aux États-Unis et en Europe, continueront d’être causés par le variant Delta, qui est assez efficacement neutralisé par les vaccins.

Article traduit de Forbes US – Auteur : John Drake

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