Il y a un an, le Covid-19 | L’histoire des coronavirus, de 1930 à aujourd’hui

De 1930 à aujourd’hui, la famille des coronavirus a captivé des générations de chercheurs, qui tentent encore de percer tous leurs mystères.

En 2016, une professeure des écoles grecque âgée de 45 ans était transportée aux urgences de l’hôpital Hygeia, à Athènes. Elle présentait des symptômes inhabituels : plus de 39 °C de fièvre, une toux sèche et une céphalée sévère. Le médecin qui l’a examinée a remarqué que la partie inférieure de son poumon gauche tremblait à l’inspiration, ce qui a par la suite été confirmé par un scanner. Pourtant, l’institutrice était non-fumeuse et n’avait aucun problème de santé.

Pensant qu’il s’agissait d’une pneumonie bactérienne, les médecins de l’hôpital lui ont administré des antibiotiques. Mais pendant les deux jours qui ont suivi, l’état de la patiente s’est détérioré, et le diagnostic de pneumonie s’est révélé négatif. Sa respiration devenant irrégulière, elle a été placée sous oxygène et un nouveau traitement lui a été prescrit. Les médecins ont testé l’institutrice pour toute une série de pathologies, y compris différentes souches de la grippe, la légionellose, la coqueluche et d’autres maladies respiratoires comme le SRAS et le MERS, mais rien n’y faisait : tout était négatif.

Un seul résultat était positif, mais il était si surprenant que les médecins ont effectué le test à nouveau pour s’assurer qu’ils n’avaient pas fait d’erreur. Le résultat fut sans appel : la patiente souffrait d’une infection connue mais inexpliquée, appelée 229E. Il s’agit du premier coronavirus jamais dépisté chez un être humain.

Le virus 229E a été découvert dans les années 1960 par une équipe de chercheurs qui tentaient de trouver le virus responsable de la rhinopharyngite. À l’époque, des techniques existaient déjà pour isoler certains virus, mais les recherches de l’équipe en question n’ont pas permis d’expliquer toutes les souches : environ 35 % des cas de rhinopharyngite étaient causé par des virus non identifiables par les chercheurs.

En 1965, Dorothy Hamre, chercheuse à l’université de Chicago, a ainsi décidé de relever le défi de cet angle mort médical. En étudiant des cultures de tissus d’étudiants atteints de rhinopharyngite, elle a découvert un nouveau type de virus : le 229E.

Au même moment, une équipe de chercheurs britanniques, dirigée par le Dr David Tyrrell, en apprenait davantage sur la fameuse rhinopharyngite. Isolant ce qui semblait être un nouveau type de virus en culture tissulaire, l’équipe a découvert qu’il ressemblait à un virus déjà isolé dans les années 1930 sur des poulets atteints de bronchite. Il s’agissait d’un coronavirus, le premier à pouvoir infecter l’être humain.

Le Dr Ken McIntosch, chercheur à la Harvard Medical School, nous explique : « Ces virus ont toujours été très présents chez les animaux. On avait par exemple connaissance d’un virus appelé virus de la bronchite infectieuse aviaire, pour lequel des vaccins étaient disponibles ».

À l’époque de ces découvertes, le Dr McIntosh faisait partie d’une équipe des Instituts américains de la santé qui s’intéressait également aux causes de la rhinopharyngite. Son équipe a ainsi découvert un virus connu aujourd’hui sous le nom d’OC43, un autre coronavirus humain commun qui provoque des infections respiratoires. Le terme « coronavirus » a pour sa part été inventé en 1968, les chercheurs s’étant inspirés de la manière dont, au microscope, la surface du virus en forme de couronne ressemblait à la couronne solaire (« corona » en anglais).

Ces découvertes ont fait couler beaucoup d’encre dans les médias de l’époque, un article affirmant notamment : « La science a triplé ses chances de vaincre la rhinopharyngite ». Pourtant, le Dr McIntosh rappelle que la communauté scientifique ne s’est pas intéressée à l’étude des coronavirus avant l’apparition du SRAS en 2003. Comme le 229E et l’OC43 provoquaient des pathologies peu sévères chez l’être humain, les médecins pouvaient les traiter de manière similaire aux rhinopharyngites provoquées par d’autres virus : paracétamol, antitussifs, et une bonne soupe accompagnée de quelques jours de repos.

Puis est arrivée l’épidémie de SRAS en 2003, qui a débuté avec un coronavirus en Chine et qui s’est propagée dans 29 pays. Bien qu’il ait finalement été confirmé que cette maladie n’avait contaminé que 8 096 personnes, 774 décès lui ont été attribués, un taux de mortalité incroyablement élevé qui a incité les chercheurs à réexaminer cette classe de virus. « Lorsque le SRAS est apparu, la famille des coronavirus a été chamboulée, elle est devenue bien plus vaste et beaucoup plus technique », se souvient le Dr McIntosh.

Depuis, deux autres coronavirus qui provoquent également des rhinopharyngites ont été découverts : le NL63 et le HKU1. Ce n’est qu’en 2012, près de 50 ans après sa découverte, que le génome complet du 229E a finalement été séquencé. Entre temps, plusieurs rapports ont été publiés, démontrant que le 229E pourrait potentiellement provoquer des symptômes respiratoires graves chez les patients ayant un système immunitaire affaibli. Pour la plupart des personnes en bonne santé en revanche, ses symptômes se limitent à un rhume.

Malgré la surveillance étroite exercée sur les coronavirus depuis l’apparition du SRAS, on ne sait aujourd’hui toujours pas pourquoi trois coronavirus (le SRAS-CoV-1, le MERS-CoV et le SRAS-CoV-2, source de la pandémie de Covid-19) entraînent des symptômes bien plus graves et un taux de mortalité plus élevé, alors que les quatre autres coronavirus humains connus restent sans danger.

Une chose est sûre, tous ces coronavirus ont un point commun : les chauves-souris. En effet, tous les coronavirus connus qui contaminent les humains semblent provenir des chauves-souris. Ils se propagent ensuite généralement vers d’autres animaux, les marchés et étals de nourriture en plein air étant propices à la reproduction interespèces, avant d’atteindre les humains. On sait par exemple que l’OC43 a été transmis à l’homme par le bétail et semble circuler depuis le XVIII^e siècle. Le MERS a quant à lui été transmis à l’homme par les chameaux.

En Grèce, l’institutrice atteinte du 229E a finalement guéri et n’a pas eu besoin d’être placée sous assistance respiratoire. Les scanners de ses poumons, effectués deux ans après son séjour aux urgences, ont démontré que ses bronches étaient guéries et en bonne santé. Néanmoins, cette réaction sévère à ce que la plupart des gens considèrent comme étant « juste un rhume » met en évidence la difficulté du traitement des coronavirus : ils entraînent un large éventail de symptômes selon les patients.

Le Dr McIntosh présume que les coronavirus continueront à soulever des difficultés pour les chercheurs. Tout d’abord, parce qu’ils sont nombreux et complexes, mais aussi parce qu’ils peuvent muter relativement rapidement. Il note par ailleurs que ces virus peuvent également se recombiner assez facilement au sein d’une même cellule, et que ce sont ces mutations qui sont probablement à l’origine du Covid-19.